云南大学“自然资源药物化学教育部重点实验室”是国家教育部2008 年2月批准正式成立的教育部重点实验室，是云南大学第一个教育部重点实验室。“立足资源，服务云南，做出特色”是实验室的定位和指导方针。
自然资源药物化学重点实验室以研究自然资源(植物及微生物资源)中的化学成分及其可持续开发利用为己任，以获得高生物活性的天然产物及其类似物为目标，围绕天然产物及其特色骨架，天然产物及药物的重要结构单元，开展高生物活性天然产物及其类似物的发现、合成、转化及功能研究工作，在从事创新性基础研究的同时，努力开发具有自主知识产权的新技术、新产品，为国家和地方经济建设服务。经过多年的建设，重点实验室拥有“超导核磁共振仪”(300、400、500及600兆各1台)、“ X-单晶衍射仪”、“ 液相色谱/ 高分辨质谱仪”、“时间分辨红外光谱仪”、“超高效液相色谱仪”、“气相色谱-质谱联用仪”、“蛋白质纯化系统”、“制备色谱仪”等大型仪器设备，拥有功能设施齐全的实验平台。
云南大学自然资源药物化学教育部重点实验室凝聚了云南大学相关学科的科研力量，形成了一支以中青年骨干教师为主、学风严谨，富于创新，结构合理的学术梯队。实验室现有专兼职科研及管理人员54 人。其中博士生导师14人，中国工程院院士1人，双聘中国科学院院士1人，国家***领军人才暨国家***基金获得者2人，国家优秀青年基金获得者1人、教育部新世纪优秀人才2人、中科院***计划2人，云南省领军人才1人，省高端***2人，云岭学者5人，省教学名师1人，云南省中青年学术带头人及技术创新人才21人;重点实验室拥有化学一级学科博士点、药学一级学科硕士点和制药工程专业硕士点，在读博士硕士研究生180 人，已形成了稳定的研究队伍及人才培养规模。实验室本着“开放，流动，联合，竞争”的理念及运行模式，接受国内外高校，科研机构及企业科研人员进修、访问及联合研究;接收博士生、硕士生短期互访及联合培养。
实验室研究主要集中在五个方向，分别是： 1、天然产物及其重要结构单元的合成方法研究; 2、生物活性分子的设计、合成及构效关系研究; 3、特色资源的化学成份及其转化利用研究; 4、药物功能材料制备与应用研究;5、药物活性筛选与作用机制研究。
实验室将紧密结合云南的特色自然资源，注重自然资源的综合利用，注重云南自然资源及生态环境的保护，积极开展自然资源药物化学相关的基础及应用研究，出创新性的基础研究成果，为国家和地方经济建设服务，成为西部乃至中国药物化学研究同行业中有特色、有影响的重点实验室。
